在中科院资源环境局的大力支持下，经过近2年的努力，洞庭湖湿地生态系统观测研究站的建设工作日前已全部完成。全国人大常委会副委员长、中国科学院院长路甬祥在2007年11月3日视察中科院亚热带农业生态研究所时强调：“要抓紧洞庭湖湿地生态站建设，为保护中国大型内陆淡水湖泊生态安全，保护宝贵的湿地资源作出贡献”。因此，洞庭湖湿地生态系统观测研究站建设工作成为了该所创新三期的一项重要任务。

12月11日，洞庭湖湿地生态系统观测研究站召开了建设发展研讨会，并在2009’中国岳阳洞庭湖国际观鸟节开幕式上，正式向国内外嘉宾进行了展示，这标志着洞庭湖湿地站正式运行。该站设置了流域景观格局与服务功能优化管理、湿地生态系统演变过程与调控、湿地保护与生物多样性保育和环境保护与替代产业技术体系等研究方向。其研究目标是通过对洞庭湖流域典型湿地生态系统的长期定位观测以及洞庭湖湿地基础科学研究，探索湿地退化的自然过程与作用机理，重点探讨全球气候变化和人类活动干扰条件下的湿地退化机制，湿地保护与修复的理论和技术体系等。在湖泊湿地生态结构、功能和演变，湿地生物多样性，以及洞庭湖湿地资源可持续利用等方面取得重大突破，为洞庭湖流域湿地生态系统的保护、恢复以及替代产业的可持续发展提供示范样板与技术辐射源，并为洞庭湖湿地的可持续利用提供教育与培训基地。

该站站部位于东洞庭湖西北角的采桑湖，总面积近3000平方米；核心试验观测场位于站部南面4公里的湖滩薹草+荻的沼泽上，占地120万平方米，主要分为4个区，其中核心区占地40万平方米，采样区占8万平方米，试验区占52万平方米，辅助观测区占16万平方米。同时，在南洞庭和西洞庭相应部署了长期观测研究样地。