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把埃博拉病毒基因组测序监测系统装进行李箱实现实时监测并不是梦。英国伯明翰大学Nicholas Loman团队开发了一个基因组监测系统,可以用标准的航空行李运送到疾病检测现场,并在样本收集24小时内得出检测结果。近日发表于《自然》的一项研究介绍了在西非几内亚最近的埃博拉疫情中,成功使用该系统进行的实时监测。
西非埃博拉病毒新玛可拉(Makona)毒株已导致超过11000人死亡,该病毒平均每个基因组中有16~27个遗传变异。基因组测序可以用来追踪这种变化,且日益受到医护工作者的欢迎,因为只要测序结果分析得足够快,就可以给他们提供信息并采取病毒控制措施。然而,由于当地缺少测序能力,且远距离运输样本测序有难度,西非埃博拉疫情期间采取基因组监控十分零散。
Loman团队开发的基因组监测系统使用一个重量不足100克的DNA测序装置,既可以用标准航空行李运送,也可以插入笔记本电脑的USB接口。研究团队使用该系统测序并且分析了2015年3~10月收集的142例埃博拉病毒样本,并可在24小时内得到分析结果,测序过程需要的时间尚不到1小时。研究者认为,这显示出在资源缺乏的情况下进行实时基因组监控是可行的。
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