2009年12月29日上午，中国科学院2009年度优秀博士学位论文、院长奖、冠名奖学金及优秀导师奖颁奖会议召开。高能物理研究所共有5名研究生、3名导师喜获奖励。　

粒子天体物理中心张毅（导师胡红波）的博士论文获得2009年度中国科学院优秀博士学位论文；粒子天体物理中心的陈燕梅（导师王建民）获得2009年度中国科学院院长特别奖，实验物理中心的钱森（导师王贻芳）、理论物理室的王伟（导师吕才典）获得2009年度中国科学院院长优秀奖；理论物理室的王玉明（导师吕才典）获得2009年度中国科学院朱李月华优秀博士生奖。

高能所3名导师获得了奖励。粒子天体物理中心的胡红波研究员被评为中国科学院优秀研究生指导教师，粒子天体物理中心的王建民研究员获得中国科学院优秀导师奖，理论物理室的王建雄研究员获得2009年度中国科学院朱李月华优秀教师奖。 

此外，理论物理室龚斌的博士学位论文《FDC系统自动单圈修正计算部分的发展及应用》获得2009年北京市优秀博士学位论文，导师王建雄研究员获得北京市优秀博士学位论文指导教师科研项目资助（50万）。北京市优秀博士学位论文评选工作从2008年开始，由市学位委员会办公室组织实施，2009年共评出50篇。