2013年的毕业典礼恰逢我国著名植物学家、国家最高科学技术奖获得者、昆明植物所名誉所长吴征镒院士离世之时，为了表达对老一辈科学家的缅怀与崇敬之情，典礼之前，全场向已故的吴征镒等老一辈科学家默哀一分钟。随后，伴随着雄壮的国歌，毕业典礼正式开始。所长李德铢致辞，他对即将毕业的85位研究生表示热烈的祝贺，“从昆明植物所毕业，获得硕士、博士学位，只是为人生航船插上了一张助航的风帆。航船即将驶离港湾，在今后的人生征途中，同学们可能还将面对各种风浪和暗礁。希望我所‘原本山川，极命草木’的精神永远与之相随相伴，助其克服各种困难。”他表示,“所有导师都会秉承吴老等前辈的遗志，为年轻的一代又一代植物学工作者提供肩膀，铺平前进的道路。欢迎毕业生们常回到这片曾挥洒青春汗水的热土来看一看。无论走得多远，飞得多高，昆明植物所永远是同学们的坚强后盾。祝愿毕业生们事业有成，生活幸福，人生精彩。”

毕业生代表李春环博士和导师代表罗晓东研究员分别代表本届毕业生和研究生导师发言。 最后，毕业生们身着学位服依次登上主席台，接受学位授予，并向导师们致以最诚挚的谢意。在难忘的歌声中，全体毕业生与导师合影留念，集体在植物园毕业生林种下了一棵西畴青冈（学名：Cyclobalanopsis sichourensis）作为留念。