北京分院
  北京分院负责联系和管理北京和山西地区的38个研究机构，1个教育机构，3个公共支撑单位，1个新闻单位。拥有37个国家重点实验室和38个中国科学院重点实验室，在基础研究、生命科学与生物技术、高技术研究与发展等方面均具有明显的综合研究优势和较强的高技术产业化能力。  
  数学与系统科学研究院 物理研究所
  声学研究所 理论物理研究所
  高能物理研究所 国家天文台
  力学研究所 化学研究所
  生态环境研究中心 国家纳米科学中心
  过程工程研究所 山西煤炭化学研究所
  遥感应用研究所 地理科学与资源研究所
  青藏高原研究所 古脊椎动物与古人类研究所
  地质与地球物理研究所 大气物理研究所
  植物研究所 动物研究所
  心理研究所 微生物研究所
  生物物理研究所 遗传与发育生物学研究所
  北京生命科学研究院 天津工业生物技术研究所
  北京基因组研究所 计算技术研究所
  软件研究所 半导体研究所
  微电子研究所 电子学研究所
  自动化研究所 光电研究院
  电工研究所 工程热物理研究所
  空间科学与应用研究中心 对地观测中心
  自然科学史研究所 科技政策与管理科学研究所
  理化技术研究所 中国科学院大学
  国家科学图书馆 计算机网络信息中心