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吴仲义蒲慕明两学者再次呼吁坚守学术道义

即时公开共享新冠病毒数据

2020-02-21 中国科学报 李晨阳
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  截至2月10日,共有55份新型冠状病毒基因组数据可公开获取。其中1月22日以前获取的31份测序数据几乎全部来自中国(仅有1例来自美国)。然而1月22日以后,余下的24份数据一律来自国外,包括日本、韩国、新加坡、澳大利亚、美国、法国、英国等。

  “数据背景的断层,使我们很难在时间与地理上找到连续的规律。数据不规范公开的趋势彰显了学术界的矛盾。”

  2月18日,中山大学生命科学学院教授、台湾“中研院”院士吴仲义和中国科学院院士、中科院脑科学与智能技术卓越创新中心(神经科学研究所)学术主任蒲慕明,在《国家科学评论》上再次撰文指出,在当前的危急情形下,科学家扣留数据的影响会是严重而深远的。他们呼吁国内学者即时公布和共享新型冠状病毒测序数据。

  两周前,两人曾在《国家科学评论》撰文呼吁将新冠病毒的基因组数据尽快公开。

  《中国科学报》:为什么关心新型冠状病毒的基因测序数据?

  吴仲义:目前,新型冠状病毒可能已经达到顶峰,不会再进化;但也可能蓄势待发,进入危险期。在两极分化的不确定下,只有公开数据,才能让科学家知道下一步怎么走。

  病毒感染人群后可能会发生快速演变,而自然选择偏好高传染力的突变。17年前SARS的暴发也体现出这样的传播规律:2002年11月至2003年1月底,SARS病毒的传播速度较为缓慢,2003年2月起开始迅速加快,这种趋势一直延续至疫情晚期。

  传播加速与病毒RNA序列的改变息息相关;尤其是病毒S蛋白在传播前期快速积累了5个氨基酸突变。这说明SARS病毒从果子狸跃染到人之后,经历了一系列遗传适应性改变。

  目前我们已经看到,两场流行病的特征有诸多不同,但这大多是临床分析上的。如果能尽快获得病毒基因组数据,就可以通过对比两种病毒进化动态的差异,更准确地判断疫情,也更精准地进行防控。

  蒲慕明:作为科研人员,在很急切地寻找基础数据、想研究这个病毒到底有没有变异时,我们却发现,很难找到较新的国内研究数据。这很不正常,因为国内有更多的病毒材料,也掌握了更多的相关数据,能开展测序工作的科研人员也并不少。

  《中国科学报》:如果贻误了对病毒序列变异的掌握,会对我们的防疫工作造成哪些实际的威胁和阻碍?

  蒲慕明:病毒在人身上传播,肯定会发生变化。它的传染力和毒性是变得更强还是更弱了?我们要掌握这些信息,才能有更好的对策。

  而且,新型冠状病毒的感染范围已经遍及全国绝大多数地区,不同地区的病毒可能已经出现演化上的差异。不知道这些差异,也不知道变异的过程,我们就很难精准地、因地制宜地进行防疫。

  《中国科学报》:近期有部分论文指出,迄今病毒样本之间的全长基因组序列几乎完全相同,提示病毒未发生明显的变异。如何看待这样的结论?

  吴仲义:没看到变异,甚至还没有仔细看,不能就说没有变异。

  人与黑猩猩基因组序列仅有1.2%的差别。但是这一点差异非同小可。如果要说人与黑猩猩之间“未发现明显的变异”,那似乎有点违背常情。

  蒲慕明:还是要拿测序数据说话,而且是即时更新的数据,而不是较早发布的数据。

  《中国科学报》:1月22日以前获取的31份测序数据几乎全部来自于中国;然而1月22日以后,余下的24份数据一律来自国外——1月22日这个时间节点可能意味着什么?

  蒲慕明:这个我们也不清楚。

  吴仲义:这是一个趋势。时间节点具体发生在哪天,或许关系不大。

  《中国科学报》:国内哪些机构能获得新型冠状病毒基因组的最新序列数据?

  蒲慕明:很多地方能做,要求就是第一能拿到病毒,第二具备有资质的病毒实验室。理论上1月22日以前发表序列的这些机构都能做。

  《中国科学报》:你们提到,需要警惕位于病毒ORF8基因中28144位点上的突变—— 在1月5日以前于武汉采集的13例样本中只出现了1次(7.8%),但在1月10日之后于武汉之外采集的42例样本中,出现了18次(43%)。这个位点的突变可能意味着什么?

  蒲慕明:这可能是一个毒性相关位点。但要判断新型冠状病毒的毒性是不是发生了变异,我们还需要更多资料。

  吴仲义:从进化角度,这个突变的传播速度似乎不寻常。但样本数量不够大,统计学上未必可靠。我们需要更多的数据来查清楚这个突变是否是个危险讯号。

  《中国科学报》:如此重要的测序数据,在公共平台上却难以查找,这是什么原因导致的?

  吴仲义:数据是有的,为何不发我们不知道。

  蒲慕明:我们国内没有一个公开的地方可以去查这些数据,这的确很奇怪。我们只能推测有可能是科研人员希望用这些数据去写论文,发表在高影响因子的期刊上。

  《中国科学报》:如果真是这样,那是违背学术道德和科研伦理的吧?

  蒲慕明:鉴于当前疫情的严峻形势,是这样的。

  因此我们建议采用“胡萝卜加大棒”的方式促进数据的发表。所谓“胡萝卜”,就是建议期刊接收发表初步处理的基因组学数据。即便没有新的数据产出,基于先期数据完善的分析结果也应该接收。

  所谓“大棒”,就是期刊应当对那些隐瞒公共卫生安全数据的论文严肃对待,拒绝发表这种基于不道德学术行为的研究。

  应对数据发布,国内已经建立了一些开放数据库(例如https://bigd.big.ac.cn/,https://db.cngb.org),或开放数据分析平台(例如https://fight-sars2.genowis.com) 。

  现在不要求你写大文章,也不要求你的写作符合高水平期刊的要求,请大家把数据即时共享到开放平台上!

  相关论文信息:https://doi.org/10.1093/nsr/nwaa030

  (原载于《中国科学报》 2020-02-21 第1版 要闻)
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