1月29日，中国科学院武汉病毒研究所发布文章，对外介绍该所开展新型冠状病毒肺炎科研攻关的有关情况。中科院武汉病毒所研究认为，新型肺炎病毒或来源于蝙蝠。武汉国家生物安全实验室已获国家卫健委批复，可开展新型冠状病毒相关实验活动。
　　武汉病毒所2020年1月2日确定了新型冠状病毒（以下称2019新型冠状病毒）全基因组序列，于1月5日成功分离到了病毒毒株。1月9日该毒株资源已按标准完成国家病毒资源库入库，并进行了标准化保藏（保藏编号：IVCAS 6.7512），可依法依规提供给有关机构，将为当前2019新型冠状病毒的科学研究、疫苗开发、生物医药筛选等提供重要资源支撑。1月11日，武汉病毒所作为国家卫健委的指定机构之一，向世界卫生组织提交了2019新型冠状病毒基因组序列信息，在全球流感共享数据库（GISAID，Global Initiative on Sharing All Influenza Data）发布，实现全球共享。
　　2020年1月23日，湖北省新型冠状病毒应急科研攻关专家组召开第一次工作会议。会议正式宣布成立由武汉病毒所牵头，石正丽研究员任组长，与来自华中农业大学、华中科技大学、武汉大学、湖北省中医院、武汉金银潭医院等单位的13位专家共同组成科研攻关专家组，着重在快速检测技术产品研发、疾病发生、发展和传播规律及临床诊治、抗病毒应急药物和抗体类药物等8个方面开展联合攻关，协同全省优势科研力量，全力打好科技防控攻关战。
　　1月26日，武汉市确定了省疾控中心等2家疾病预防控制机构、同济医院等9家医疗机构以及武汉病毒所等2家专业机构开展2019新型冠状病毒肺炎病原学检测。目前，武汉病毒所以疫情防控为中心，凭借自身的硬件条件和科技支撑队伍，已开展了部分2019新型冠状病毒临床样本检测，助力武汉市缓解防疫压力，并进一步提升新冠肺炎的检测及诊治能力。同时，由研究所开发的病毒检测试剂和方法，已应用于本次病原检测工作中，为后续诊断试剂盒的开发和推广使用奠定了坚实基础。
　　此外，武汉病毒所实现了2019新型冠状病毒相关抗原蛋白的原核和真核表达。通过与珠海丽珠试剂股份有限公司合作，在短时间内完成了2019新型冠状病毒IgG、IgM血清学诊断试剂盒（酶联免疫法），可作为除咽拭子病原核酸检测以外的重要辅助诊断手段。
　　1月23日，武汉病毒所石正丽团队在bioRxiv预印版平台上发表文章《一种新型冠状病毒的发现及其可能的蝙蝠起源》（“Discovery of a novel coronavirus associated with the recent pneumonia outbreak in humans and its potential bat origin”），提出新型肺炎病毒或来源于蝙蝠。文章首次证实了该新型冠状病毒使用与SARS冠状病毒相同的细胞进入受体（ACE2），并发现新型冠状病毒与一种蝙蝠的冠状病毒的序列一致性高达96%，为后续病毒致病机理、病毒溯源等研究提供了重要依据。
　　同时武汉病毒所正积极开展新型冠状病毒感染的抗病毒药物筛选、动物模型建立、疫苗研发等工作。目前已筛选出了几种有潜在临床应用价值的药物, 筛选结果已向国家和湖北省新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控指挥部科技攻关组报告，供综合研判后指导医疗救治。在动物模型方面，已基本完成小鼠和非人灵长类动物模型的建立，将为后续研究提供关键支撑。
　　早在2003年SARS爆发时期，国家从战略高度部署了武汉病毒所承担的武汉国家生物安全实验室建设任务。经过十多年的积累，实验室作为我国生物安全防护等级最高的综合性技术平台，一直将应对突发公共卫生事件的能力建设作为其核心责任。在本次疫情发生并完成病原鉴定后，实验室已获国家卫健委批复，可开展新型冠状病毒相关实验活动。